日本子会社（株式会社や合同会社を含む）と日本支店の両方に法人税及び消費税が課される点は同様ですが、相違点が複数あります。

記帳

日本子会社の帳簿は外国親会社から独立した帳簿ですが、日本支店の帳簿は外国法人の帳簿の一部です。よって、外国法人の本国の会計・税務目的では、日本支店の帳簿は本国の会計基準で作成する必要があります。一方、日本の税務目的では、日本の会計基準に従った帳簿が別途必要になります。

法人税

日本子会社の場合には、日本子会社が獲得した全ての所得に対して法人税が課されます（全世界所得課税）。但し、日本子会社が日本国内でしか事業を行っていない場合には、結果として、その日本国内での事業で獲得した所得に対してのみ法人税が課されることとなります。一方で、日本支店の場合には、日本支店が本店から分離・独立した企業であると擬制した場合に得られるべき所得に対して法人税が課されます。そのため、日本支店と本店との間の内部取引を認識し、当該内部取引に係る損益も所得金額に反映されることとなります。
なお、日本支店が日本で納税した法人税は、多くの場合、本店所在地国で外国税額控除の対象になります。但し、日本の法人税率は海外と比べ高いことが多いので、日本で納税した法人税額の全額を本店所在地国で控除できないことも想定されます。

均等割：会社の規模を資本金等の額と従業者数で把握し、その規模に応じて定額が課される税金

日本子会社の場合には、日本子会社の資本金等の額で均等割額を判定しますが、日本支店の場合には本店の資本金等の額で判定します。一般的に本店の資本金等の額は、日本子会社の資本金等の額よりも多額であることから、支店形態の方が子会社形態よりも均等割の負担額は重くなる傾向にあります。

外形標準課税：資本金の額が1億円超の法人に適用される課税。その法人が支払う給与・利子・賃借料等に一定税率を乗じて計算される税金

日本子会社の場合には、日本子会社の資本金で外形標準課税の有無を判定しますが、日本支店の場合には本店の資本金で判定します。一般的に本店の資本金は、日本子会社の資本金よりも多額であることから、支店形態の方が子会社形態よりも外形標準課税が適用される可能性が高くなる傾向にあります。

（ご参考）税理士報酬

上記の通り、支店形態は子会社形態の場合に比して、会計面・税務面の検討事項が多いため、税理士報酬が高くなる傾向にあります。

以上より、日本支店が不可欠である特殊な事情がない限り、日本税務の観点からは日本子会社を推奨します。